政府主导的科技园区开发管理，在过去很长一段时间是市场的主流，作为科技园区开发运营中的核心，政府负责园区的投资开发，并成立专门管委会管理运营，通过创造相关的支持政策、税收优惠等条件积极引导高校、科研机构、创新型企业孵化、重点企业培育等形式，推动园区产业集聚，并为园区搭建包括科研机构、公共服务平台等在内的创新资源，促进创新成果的转化落地。

政府主导型科技新城开发具有一定优势，通过强有力的规划控制和引导，可以实现长期的持续性规划意图；能够以较低成本获取大量土地，并解决土地整理和基础设施建设阶段的资金问题；依靠资源和权力的集中，在招商公信力、政策、税收等方面具有一定优势。但是此种模式也有一定缺陷，一旦政府在规划引导、政策导向方面出现失误，则有可能导致新城新区的供给与需求不匹配，导致社会资源的大量浪费；政府向公共事业投入大量资金，这些投资在短期内难以获得收益和回报，会造成沉重的财政负担；此外，由于市场化程度不高，会出现一些效率低下、发展不均衡等问题。

随着国内经济发展水平的快速提升，十八大以来，政府不断深化实施“转变政府职能，深化简政放权”、“发挥市场在资源配置中的决定性作用”等改革，出台了一系列的政策，如中共中央、国务院于2015印发《关于深化体制机制改革加快实施创新驱动发展战略的若干意见》中提出，要把握好技术创新的市场规律，让市场成为优化配置创新资源的主要手段。市场导向机制不断健全，园区开发的政府主导模式也在快速发生变化，越来越多的市场机构正化身为新时期产业园区建设的主力军。

以孵化器为例，各类不同背景的投资主体具有不同的优势。高校、科研院所为投资主体的专业孵化器，其优势在于可以为入孵的企业提供高水平的技术支持，专业人员的技术指导，以及这个专业衍生出来的技术仪器的共享和服务。

而产业的头部企业为投资主体的优势在于自身产业嫁接过来的上下游企业资源以及企业品牌的背书。同时，这类企业可为入孵企业提供市场的终端渠道，这对于初创型企业极具吸引力。头部企业对产业特别了解，可针对入孵企业的特点提供专业化的研发条件、中试以及产业化的配套技术平台，极大地减少初创企业在研发前期的投入成本。

还有一类为国有园区投资主体，资源整合能力是前两者难以企及的，既有政府层面的政策支持，也实行市场化的运营模式。从技术驱动角度，可以联合高校或者政府机构建设专业的生物医药技术平台；也可以整合孵化器内企业，联合共建技术服务平台。就近解决在孵企业缺乏实验设备仪器的困难，降低早期项目在设备仪器上的投入，缩短企业产品的开发周期，达到资源集中利用、规范管理，专业人员、专业技术共用、共享服务的效果，最大化地发挥产业集聚效应。

在科技园区运行初期，除了为企业提供基本的孵化场地、办公环境和公共服平台之外，园区的运营方一般还会通过制定一系列产业、税收、奖励等政策降低入园企业门槛，提高企业入园积极性。待入园企业聚集到一定程度，有了一定的产业基础后，通过为入园企业提供一系列包括人力资源、技术、资本、市场等诸多方面的组织、管理和服务，帮助企业顺利生存、快速发展壮大。完善的进驻服务不仅为初创企业提供基础型服务，降低了创业风险，同时为高成长企业提供发展型、延伸型服务，满足个性化需求。

现阶段，包括科技园区的盈利模式大概可分为如下两个层次，央企/国企具有较强的资源获取能力以及和政府关系的维护能力，盈利来源一般以如下三个方式为主：一是主要依靠地产增值，通过相对较低的成本获取土地资源，以出租或出售的方式供企业使用；二是政府补贴，包括各级政府对科技园区的定向奖励性补贴和园区运营管理补贴等；第三是税收分成。