财政预算绩效管理已经越来越受到各个单位的重视，开展绩效管理带来的优势日趋显现，其学术价值和实践应用价值的重要性尤显突出。但是如何保证财政预算绩效管理的科学性、绩效评价过程的公开公平性、绩效评价体系的标准性等策略性问题也随之而来。
1、财政预算预算绩效评价不被重视。
很多预算实施主体对预算绩效评价缺乏足够的重视度，在预算实施过程中缺乏过程性监测和相关数据的积累和收集，也缺乏专人对预算实施过程进行管理。往往是等到上级财政部门通知要求开展绩效评价的时候，才被动地组织绩效评价。本单位负责绩效评价的人员因为缺乏对绩效评价方面的专业知识和技能，往往容易导致绩效评价结果的可靠性较低，评价结果经不起验证等问题。
2、财政预算管理偏向财务管理的思维模式
将绩效评价偏颇的理解为项目审计，单纯按照财务成本核算、财务管理合法合规性等传统的思维模式进行，却忽略了绩效评价的最终目的是对财政项目最终完成的有效性、产生的社会效益以及该项目的财政资金在使用过程中发生的各种情况的综合评定。
3、预算绩效评价制度不完善
预算实施主体在绩效评价制度建设上还存在体系不健全、重点不突出及制度建设的定位不准确、配套管理制度匮乏等问题，相关绩效目标还未延伸到管理层面，致使预算绩效及评价体系虽然在不断完善，但预算绩效管理的内容却未能同步跟进。
4、预算绩效评价技术有待提升
首先是预算绩效评价体系的衡量标准存在多样化现象，这也在一定程度上导致了绩效评价的随意性、量化指标的简单化。其次是预算绩效评价人员缺乏对绩效评价专业知识的深度理解，未能在预算绩效评价的实践中根据预算目标对评价组织、评价方法、数据采集和应用等方面进行科学的调整，最终导致预算绩效的总体情况得不到真实反映，预算绩效评价技术有待于提升。
